En 1794 Pinel hizo público su ensayo «Memorias sobre la locura», recientemente llamado un texto fundamental de la psiquiatría moderna. En él, Pinel defiende el estudio psicológico cuidadoso de las personas a lo largo del tiempo, señala que la locura no siempre es continua y pide más prácticas de asilo humanitario.

En 1798 Pinel publicó una clasificación autorizada de enfermedades en su Nosographie philosophique ou méthode de l’analyse appliquée à la médecine. Aunque es considerado como uno de los fundadores de la psiquiatría, este libro también lo establece como el último gran nosólogo del siglo XVIII. Si bien la Nosographie aparece completamente fechada hoy en día, fue tan popular en su tiempo que pasó por seis ediciones entre su publicación inicial y 1818. Pinel basó su nosología en las ideas de William Cullen, empleando la misma terminología biológicamente inspirada de «géneros» y «especies» de desorden. La clasificación de Pinel del trastorno mental simplificó las «neurosis» de Cullen hasta cuatro tipos básicos de trastorno mental: melancolía, manía (locura), demencia e idiotismo. Ediciones posteriores agregaron formas de «locura parcial» donde solo la de los sentimientos que parecen estar afectados en lugar de la capacidad de razonamiento.

El primer trastorno mental se llama melancolía. Los síntomas se describen como » taciturnidad, un aire pensativo reflexivo, sospechas sombrías y un amor por la soledad.»: 136 Se observa que Tiberio y Luis XI fueron sometidos a este temperamento. Luis se caracterizaba por el desequilibrio entre el estado de amargura y pasión, la tristeza, el amor a la soledad y la vergüenza de los talentos artísticos. Sin embargo, Luis y Tiberio eran similares en que ambos eran engañosos y planeaban un viaje ilusorio a sitios militares. Finalmente, ambos fueron exiliados, uno a la Isla de Rodas y el otro a una provincia de Bélgica.: 137 Personas con melancolía a menudo están inmersas con una idea en la que toda su atención está obsesionada. Por un lado, permanecen reservados durante muchos años, reteniendo amistades y afecto, mientras que por el otro, hay algunos que hacen un juicio razonable y superan el estado sombrío.: 141 La melancolía también puede expresarse en formas polares opuestas. El primero se distingue por un sentido exaltado de importancia propia y expectativas poco realistas, como la obtención de riquezas y poder. La segunda forma está marcada por una profunda desesperación y una gran depresión.: 207todos los individuos con melancolía generalmente no exhiben actos de violencia, aunque pueden encontrarlos tremendamente extravagantes. La depresión y la ansiedad ocurren habitualmente, así como la morosidad frecuente de carácter.:149 Pinel señala que la melancolía puede explicarse por la embriaguez, las anomalías en la estructura del cráneo, los traumas en el cráneo, las condiciones de la piel, diversas causas psicológicas, como los desastres domésticos y el extremismo religioso, y en las mujeres, la menstruación y la menopausia.: 204

El segundo trastorno mental se llama manía sin delirio. Se describe como locura independiente de un desorden que perjudica las facultades intelectuales. Los síntomas se describen como perversos y desobedientes.:150-151 Un ejemplo en el que este tipo de especie de trastorno mental ocurre cuando un mecánico, que fue confinado en el Manicomio de dos Metros, experimentó estallidos violentos de furia maníaca. Los paroxismos consistían en una sensación de ardor localizada en la zona abdominal que se acompañaba de estreñimiento y sed. El síntoma se diseminó al pecho, el cuello y el área de la cara. Cuando llegó a las sienes, la pulsación de las arterias aumentó en esas áreas. El cerebro estaba afectado hasta cierto punto, pero sin embargo, el paciente era capaz de razonar y cohesionar con sus ideas. Una vez, el mecánico experimentó un paroxismo furioso en su propia casa, donde advirtió a su esposa que huyera para evitar la muerte. También experimentó la misma furia periódica en el asilo donde conspiró contra el gobernador.:152-153 El carácter específico de la manía sin delirio es que puede ser perpetua o esporádica. Sin embargo, no hubo un cambio razonable en las funciones cognitivas del cerebro; solo pensamientos perversos de furia y una tendencia ciega a los actos de violencia.: 156

El tercer trastorno mental se llama manía con delirio. Se caracteriza principalmente por la indulgencia y la furia, y afecta las funciones cognitivas. A veces puede distinguirse por un humor desenfadado y gay que puede aventurarse fuera de camino en sugerencias incoherentes y absurdas. Otras veces se puede distinguir por pretensiones orgullosas e imaginarias de grandeza. Los prisioneros de esta especie son muy delirantes. Por ejemplo, proclamarían haber luchado una batalla importante, o presenciarían al profeta Mahoma conjurando la ira en nombre del Todopoderoso. Algunos declaman incesantemente sin evidencia de cosas vistas u oídas, mientras que otros ven ilusiones de objetos en varias formas y colores.: 156-157 El delirio a veces persiste con cierto grado de alboroto frenético durante un período de años, pero también puede ser constante y el paroxismo de furia se repite a diferentes intervalos.: 158 El carácter específico de la manía con delirio es el mismo que la manía sin delirio en el sentido de que puede ser continuada o cíclica con paroxismos regulares o irregulares. Se caracteriza por una fuerte excitación nerviosa, acompañada de un déficit de una o más de las funciones de las habilidades cognitivas con sentimientos de vivacidad, depresión o furia.: 159

El cuarto trastorno mental se llama demencia, o también conocido como la abolición del pensamiento. Las características incluyen falta de consideración, incorrección extrema y anormalidades salvajes. Por ejemplo, un hombre que había sido educado en la antigua nobleza marchaba sobre el comienzo de la revolución. Se movía sin descanso por la casa, hablando sin cesar y gritando apasionadamente por razones insignificantes. La demencia suele ir acompañada de un movimiento rabioso y rebelde, de una rápida sucesión de ideas formadas en la mente y de sentimientos apasionados que se sienten y olvidan sin atribuirlos a objetos.: 160-162 Los que están cautivos de la demencia han perdido la memoria, incluso los atribuidos a sus seres queridos. Su único recuerdo consiste en los del pasado. Olvidan instantáneamente cosas en el presente, vistas, oídas o hechas. Muchos son irracionales porque las ideas no fluyen coherentemente.: 417Las propiedades características de la demencia son que no hay valor de juicio y las ideas son espontáneas sin conexión.: 163 El carácter específico de la demencia contiene una progresión rápida o una sucesión continua de ideas aisladas, olvido de la condición previa, actos repetitivos de exageración, disminución de la capacidad de respuesta a la influencia externa y completa falta de juicio.:164

El quinto y último trastorno mental se llama idiotismo, o también conocido como » obliteración de las facultades y afectos intelectuales.»: 165 Este trastorno se deriva de una variedad de causas, como el deleite extravagante y debilitante, el abuso de alcohol, el dolor profundo, el estudio diligente, los golpes agresivos en la cabeza, los tumores en el cerebro y la pérdida de conciencia debido a una obstrucción en una vena o arteria. El idiotismo encarna una variedad de formas. Una de esas formas se llama cretinismo, que es un tipo de idiotismo que es relativo a las anormalidades personales. Es bien conocido en el Valais y en partes de Suiza.: 318 La mayoría de las personas que pertenecen a este grupo son deficientes en el habla o se limitan a las expresiones inarticuladas de los sonidos. Sus expresiones no tienen emociones, los sentidos están aturdidos y los movimientos son mecánicos. Los idiotas también constituyen el mayor número de pacientes en los hospitales. Las personas que tienen una respuesta aguda pueden experimentar un choque violento al extremo de que todas las actividades del cerebro pueden ser detenidas en una acción o erradicadas por completo. La felicidad inesperada y el miedo exagerado pueden ocurrir como resultado de un choque violento.: 165-166 Como se mencionó anteriormente, el idiotismo es el más común entre los pacientes hospitalarios y es incurable. En el asilo de dos metros, estos pacientes constituyen una cuarta parte de toda la población. Muchos mueren después de unos pocos días de su llegada, habiendo sido reducidos a estados de estupor y debilidad. Sin embargo, algunos que se recuperan con la regeneración progresiva de su fuerza también recuperan sus capacidades intelectuales. Muchos de los jóvenes que han permanecido en el estado de idiotismo durante varios meses o años son atacados por un espasmo de manía activa entre veinte y treinta días.: 168 El carácter específico del idiotismo incluye el exterminio parcial o completo del intelecto y los afectos, la apatía, los sonidos desconectados e inarticulados o el deterioro del habla, y los estallidos de pasión sin sentido.: 172

En su libro Traité médico-philosophique sur l’aliénation mentale; ou la manie, publicado en 1801, Pinel discute su enfoque orientado psicológicamente. Este libro fue traducido al inglés por D. D. Davis como Tratado sobre la locura en 1806, aunque Davis sustituyó la introducción de Pinel por la suya propia, dejando de lado, entre otras cosas, los fuertes elogios de Pinel por Alexander Crichton. El libro de Pinel tuvo una enorme influencia en los psiquiatras franceses y angloamericanos durante el siglo XIX. Quiso decir con alienación que el paciente se siente como un extraño (alienus) para el mundo de los «cuerdos». Un terapeuta comprensivo que vive en ese mundo podría ser capaz de adentrarse en la experiencia del paciente, comprender a los «alienados», su lenguaje, y posiblemente guiarlos de regreso a la sociedad.:284

En 1802 Pinel publicó La Médecine Clinique, que se basó en sus experiencias en la Salpêtrière y en la que amplió su libro anterior sobre clasificación y enfermedad.

Pinel fue elegido miembro de la Académie des Sciences en 1804 y fue miembro de la Académie de Médecine desde su fundación en 1820. Murió en París en 1826.