VMD est un programme de graphisme moléculaire conçu pour l’affichage et l’analyse d’assemblages moléculaires, en particulier de biopolymères tels que des protéines et des acides nucléiques. VMD peut afficher simultanément un nombre illimité de structures en utilisant une grande variété de styles de rendu et de méthodes de coloration. Les molécules sont affichées sous la forme d’une ou plusieurs « représentations », dans lesquelles chaque représentation incarne une méthode de rendu et un schéma de coloration particuliers pour un sous-ensemble sélectionné d’atomes. Les atomes affichés dans chaque représentation sont choisis à l’aide d’une syntaxe de sélection d’atomes étendue, qui comprend des opérateurs booléens et des expressions régulières. VMD fournit une interface utilisateur graphique complète pour le contrôle du programme, ainsi qu’une interface de texte utilisant l’analyseur intégrable Tcl pour permettre des scripts complexes avec substitution de variables, boucles de contrôle et appels de fonctions. La journalisation complète de la session est prise en charge, ce qui produit un script de commande VMD pour une lecture ultérieure. Des images raster à haute résolution de molécules affichées peuvent être produites en générant des scripts d’entrée pour une utilisation par un certain nombre d’applications de rendu d’images photoréalistes. VMD a également été expressément conçu avec la possibilité d’animer des trajectoires de simulation de dynamique moléculaire (MD), importées soit à partir de fichiers, soit à partir d’une connexion directe à une simulation MD en cours d’exécution. VMD est le composant de visualisation de MDScope, un ensemble d’outils de résolution de problèmes interactifs en biologie structurale, qui comprend également le programme de MD parallèle NAMD et le logiciel MDCOMM utilisé pour connecter les programmes de visualisation et de simulation. VMD est écrit en C++, en utilisant une conception orientée objet; le programme, y compris le code source et une documentation étendue, est disponible gratuitement via ftp anonyme et via le World Wide Web.