a VMD egy molekuláris grafikus program, amelyet molekuláris szerelvények, különösen biopolimerek, például fehérjék és nukleinsavak megjelenítésére és elemzésére terveztek. A VMD egyidejűleg tetszőleges számú struktúrát képes megjeleníteni a renderelési stílusok és színezési módszerek széles választékával. A molekulák egy vagy több “reprezentációként” jelennek meg, amelyekben minden reprezentáció egy adott renderelési módszert és színezési sémát testesít meg az atomok kiválasztott részhalmaza számára. Az egyes ábrázolásokban megjelenített atomokat egy kiterjedt atomválasztási szintaxis segítségével választják ki, amely magában foglalja a logikai operátorokat és a reguláris kifejezéseket. A VMD egy teljes grafikus felhasználói felületet biztosít a programvezérléshez, valamint egy szöveges felületet a TCL beágyazható elemző segítségével, amely lehetővé teszi a változó helyettesítéssel, vezérlési hurkokkal és függvényhívásokkal rendelkező összetett szkripteket. A teljes munkamenet naplózása támogatott, amely VMD parancsfájlt készít a későbbi lejátszáshoz. A megjelenített molekulák nagy felbontású raszteres képei előállíthatók bemeneti szkriptek generálásával számos fotorealisztikus képmegjelenítő alkalmazás számára. A VMD-t kifejezetten azzal a képességgel tervezték, hogy animálja a molekuláris dinamika (MD) szimulációs pályákat, akár fájlokból, akár egy futó MD szimulációhoz való közvetlen kapcsolatból importálva. A VMD az MDScope vizualizációs összetevője, amely a strukturális biológia interaktív problémamegoldásának eszköze, amely magában foglalja a párhuzamos MD programot NAMD, valamint a vizualizációs és szimulációs programok összekapcsolására használt MDCOMM szoftvert. A VMD C++ nyelven íródott, objektumorientált tervezéssel; a program, beleértve a forráskódot és a kiterjedt dokumentációt, szabadon elérhető anonim ftp-n és a világhálón keresztül.