プロトプラストは、通常、酵素による消化によって、細胞壁を除去した細胞である。 セルラーゼ酵素は植物細胞壁のセルロースを消化し、ペクチナーゼ酵素はペクチン保持細胞を分解する。 細胞壁が除去されると、得られたプロトプラストは球形である。

消化は、通常、浸透圧（細胞を血漿溶解させる細胞内容物よりも高い濃度の溶液）中でインキュベーションした後に行われる。 これにより、細胞壁が消化しやすくなります。 破片を濾過および／または懸濁液から遠心分離し、次いでプロトプラストを遠心分離してペレットを形成する。 再懸濁時には、細胞分裂および分化を誘導する培地上でプロトプラストを培養することができる。 多数の植物は、単一の実験から再生することができます–ジャガイモの葉の組織のグラムは、例えば、百万以上のプロトプラストを生成することがでプロトプラストは、葉、茎、根、花、葯、さらには花粉の範囲の植物組織から単離することができます。

プロトプラストは、葉、茎、根、花、葯、さらには花粉から単離す 使用される単離および培養培地は、種およびプロトプラストが単離された組織によって異なる。 プロトプラストは、研究や植物の改良のために多くの方法で使用されています。 それらは、様々な方法（エレクトロポレーション、細菌とのインキュベーション、熱ショック、高pH処理）で処理して、DNAを取り込むように誘導することができる。 その後、プロトプラストを培養し、植物を再生することができる。 このようにして、遺伝子操作された植物は、無傷の細胞／植物を使用することが可能であるよりも容易に生産することができる。

遠くに関連するか、または無関係な種からの植物は生殖のゲノム/モード等として性的に再生することができません。

互換性がありません。 無関係な種のプロトプラストを融合させて、耐病性、良好な風味および耐寒性などの望ましい特性を組み合わせた植物を生産することができる。 融合は電流の適用によってまたはポリエチレングリコール（止め釘）のような化学薬品との処置によって遂行されます。 融合生成物は、抗生物質または除草剤を含有する培地上で選択することができる。 これらは、その後、芽や根を形成するために誘導することができ、ハイブリッド植物は、望ましい特性のために試験することができます。