VMDは、タンパク質や核酸などの特に生体高分子における分子集合体の表示と分析のために設計された分子グラフィッ VMDは、さまざまなレンダリングスタイルとカラーリング方法を使用して、任意の数の構造を同時に表示できます。 分子は、各表現が原子の選択されたサブセットのための特定のレンダリング方法と着色スキームを具現化する一つ以上の”表現”として表示されます。 各表現に表示される原子は、ブール演算子と正規表現を含む広範な原子選択構文を使用して選択されます。 VMDは、プログラム制御のための完全なグラフィカルユーザーインターフェイスと、Tcl埋め込みパーサーを使用したテキストインターフェイスを提供し、変数置換、制御ループ、関数呼び出しを含む複雑なスクリプトを可能にします。 完全なセッションログがサポートされており、後で再生するためのVMDコマンドスクリプトが生成されます。 表示された分子の高解像度ラスター画像は、多くのフォトリアリスティック画像レンダリングアプリケーションで使用するための入力スクリプトを生成することによって生成される可能性があります。 VMDはまた、ファイルまたは実行中のMDシミュレーションへの直接接続のいずれかからインポートされた分子動力学（MD）シミュレーションの軌道をアニメー VMDはMDScopeの視覚化の部品、また平行MDプログラムNAMDを含んでいる構造生物学の相互問題解決のための一組の用具、および視覚化およびシミュレーションプロ VMDはオブジェクト指向の設計を使用してC++で書かれており、ソースコードや広範なドキュメントを含むプログラムは、匿名ftpやWorld Wide Webを介して自由に利用