VMD to molekularny program graficzny przeznaczony do wyświetlania i analizy zespołów molekularnych, w szczególności biopolimerów, takich jak białka i kwasy nukleinowe. VMD może jednocześnie wyświetlać dowolną liczbę struktur przy użyciu szerokiej gamy stylów renderowania i metod kolorowania. Cząsteczki są wyświetlane jako jedna lub więcej „reprezentacji”, w których każda reprezentacja ucieleśnia konkretną metodę renderowania i schemat kolorowania dla wybranego podzbioru atomów. Atomy wyświetlane w każdej reprezentacji są wybierane przy użyciu rozbudowanej składni wyboru atomów, która zawiera operatory logiczne i wyrażenia regularne. VMD zapewnia kompletny graficzny interfejs użytkownika do sterowania programem, a także interfejs tekstowy wykorzystujący wbudowany parser TCL, aby umożliwić złożone skrypty z substytucją zmiennych, pętlami sterującymi i wywołaniami funkcji. Pełne rejestrowanie sesji jest obsługiwane, co tworzy skrypt poleceń VMD do późniejszego odtwarzania. Obrazy rastrowe wyświetlanych cząsteczek o wysokiej rozdzielczości mogą być wytwarzane przez generowanie skryptów wejściowych do użytku przez wiele fotorealistycznych aplikacji do renderowania obrazów. VMD został również wyraźnie zaprojektowany z możliwością animowania trajektorii symulacji dynamiki molekularnej (MD), importowanych z plików lub z bezpośredniego połączenia z uruchomioną symulacją MD. VMD jest komponentem wizualizacji MDScope, zestaw narzędzi do interaktywnego rozwiązywania problemów w biologii strukturalnej, który obejmuje również równoległy program MD NAMD i oprogramowanie MDCOMM używane do łączenia programów wizualizacji i symulacji. VMD jest napisany w języku C++, przy użyciu konstrukcji zorientowanej obiektowo; program, w tym kod źródłowy i obszerną dokumentację, jest swobodnie dostępny za pośrednictwem anonimowego ftp i przez World Wide Web.