VMD é um programa gráfico molecular projetado para a exibição e análise de conjuntos moleculares, em particular biopolímeros como proteínas e ácidos nucleicos. VMD pode simultaneamente exibir qualquer número de estruturas usando uma grande variedade de estilos de renderização e métodos de coloração. Moléculas são exibidas como uma ou mais “representações”, em que cada representação incorpora um método de representação particular e esquema de coloração para um subconjunto selecionado de átomos. Os átomos exibidos em cada representação são escolhidos usando uma extensa sintaxe de seleção de átomos, que inclui operadores booleanos e expressões regulares. VMD fornece uma interface gráfica completa para o controle de programas, bem como uma interface de texto usando o analisador incorporável Tcl Para Permitir scripts complexos com substituição de variáveis, loops de controle e chamadas de funções. O registro completo de sessão é suportado, o que produz um script de comando VMD para reprodução posterior. Imagens rasterizadas de alta resolução de moléculas exibidas podem ser produzidas através da geração de scripts de entrada para uso por uma série de aplicações fotorealistas de imagem-renderização. VMD também foi expressamente projetado com a capacidade de animar trajetórias de simulação dinâmica molecular (MD), importados de arquivos ou de uma conexão direta a uma simulação de MD em execução. VMD é o componente de visualização do MDScope, um conjunto de ferramentas para a resolução interativa de problemas em biologia estrutural, que também inclui o programa paralelo MD NAMD, e o software MDCOMM usado para conectar os programas de visualização e simulação. VMD é escrito em C++, usando um projeto orientado a objetos; o programa, incluindo código fonte e extensa documentação, está disponível gratuitamente através de ftp anônimo e através da World Wide Web.