Taxonomie je věda, která zkoumá, popisuje, pojmenuje a klasifikuje všechny organismy. V této úvodní kapitole, jsme se poukázat na hlavní historické kroky při vypracování této vědy, která poskytuje základní údaje pro všechny oblasti biologie a hraje důležitou roli pro společnost, ale je také nezávislý, komplexní, a zvuk hypotéza řízené vědecké disciplíny.V první části zdůrazňujeme, že taxonomie rostlin je jednou z prvních vědeckých disciplín, které se objevily před tisíci lety, ještě před důležitými příspěvky Řeků a Římanů (např. V patnáctém až šestnáctém století, rostlinné taxonomie těžil z Velké Navigace, vynález knihtisku, vznik botanické zahrady, a používat techniku sušení zachovat vzorků rostlin. Souběžně s rostoucí těla morpho-anatomických údajů, následné významných kroků v historii rostlinné taxonomie patří vznik pojmu přirozené klasifikace, přijetí binomické pojmenování systému (s hlavní roli Linnaeus) a další univerzální pravidla pro pojmenování rostlin, formulace principu podřízenosti postav, a nástup evolučního myšlení. Více nedávno, cladistic teorie (zahájené Hennig) a rychlé pokroky v DNA technologie umožnilo odvodit phylogenies a navrhnout skutečnou přírodní, genealogie-based klasifikace.V druhé části jsme se klást důraz na výzvy, které rostlinné taxonomie čelí v dnešní době. Stále velmi neúplné taxonomické znalosti celosvětové flóry (tzv. taxonomická překážka) vážně brání úsilí o zachování, které je obzvláště důležité, protože biologická rozmanitost vstupuje do své šesté vyhynutí krize. Objevuje se hlavně kvůli nedostatečnému financování, nedostatku taxonomických znalostí a nedostatečné komunikaci a koordinaci. Poté přezkoumáme nedávné iniciativy k překonání těchto omezení a předvídání toho, jak by se taxonomie měla a mohla vyvíjet. Zejména, použití molekulárních dat bylo pro taxonomii rozděleno a může umožnit zrychlené tempo objevování druhů. Prozkoumali jsme oba silné stránky a omezení této techniky ve srovnání s morfologií založené na vyšetřování, jsme dát široké doporučení na využití molekulární nástroje pro rostlinné taxonomie, a zdůrazňujeme potřebu integrativní taxonomie na základě důkazů z více zdrojů.