La taxonomie est la science qui explore, décrit, nomme et classe tous les organismes. Dans ce chapitre introductif, nous soulignons les étapes historiques majeures de l’élaboration de cette science qui fournit des données de base pour tous les domaines de la biologie et joue un rôle vital pour la société, mais qui est également une discipline scientifique indépendante, complexe et fondée sur des hypothèses solides.Dans une première partie, nous soulignons que la taxonomie des plantes est l’une des premières disciplines scientifiques apparues il y a des milliers d’années, avant même les contributions importantes des Grecs et des Romains (par exemple, Théophraste, Pline l’Ancien et Dioscoride). Aux XVe et XVIe siècles, la taxonomie des plantes a bénéficié des Grandes Navigations, de l’invention de l’imprimerie, de la création de jardins botaniques et de l’utilisation de la technique de séchage pour préserver les spécimens de plantes. Parallèlement au corpus croissant de données morpho-anatomiques, les étapes majeures ultérieures de l’histoire de la taxonomie des plantes incluent l’émergence du concept de classification naturelle, l’adoption du système de dénomination binomiale (avec le rôle majeur de Linné) et d’autres règles universelles pour la dénomination des plantes, la formulation du principe de subordination des caractères et l’avènement de la pensée évolutionniste. Plus récemment, la théorie cladistique (initiée par Hennig) et les progrès rapides des technologies de l’ADN ont permis d’en déduire des phylogénies et de proposer de vrais naturels, basés sur la généalogie classifications.In dans un deuxième temps, nous mettons l’accent sur les défis auxquels la taxonomie des plantes est confrontée de nos jours. La connaissance taxonomique encore très incomplète de la flore mondiale (ce qu’on appelle l’obstacle taxonomique) entrave sérieusement les efforts de conservation qui sont particulièrement cruciaux alors que la biodiversité entre dans sa sixième crise d’extinction. Il apparaît principalement en raison d’un financement insuffisant, d’un manque d’expertise taxonomique et d’un manque de communication et de coordination. Nous passons ensuite en revue les initiatives récentes visant à surmonter ces limites et à anticiper l’évolution de la taxonomie. En particulier, l’utilisation de données moléculaires a été fractionnée pour la taxonomie et pourrait permettre un rythme accéléré de découverte d’espèces. Nous examinons à la fois les forces et les limites de ces techniques par rapport aux enquêtes basées sur la morphologie, nous formulons de larges recommandations sur l’utilisation d’outils moléculaires pour la taxonomie des plantes et nous soulignons la nécessité d’une taxonomie intégrative basée sur des preuves provenant de sources multiples.