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BLASTシーケンス類似検索

by admin

Blast検索の実行…

  1. blastプログラムでシーケンス類似検索を実行するには、ページ上部のツールバーの’Blast’タブを選択します。
  2. フォームフィールドにタンパク質またはヌクレオチド配列またはUniProt識別子のいずれかを入力します(図37)。
  3. 「Run Blast」ボタンをクリックします。

図37Blast入力ページ。

Blast検索は、UniProtエントリページの「Blast」ボタンから直接実行できます。 関連するすべての結果ページ（UniProtKB、UniRef、UniParc、ツールの結果など）を使用すると、チェックボックスを使用してエントリを選択することで、Blast検索を直接実行できます。 また、”バスケット”内からBlast検索を実行することができます。

次の種類のUniProt識別子がサポートされています:

P00750 UniProtKB entry
P00750-2 UniProtKB entry isoform sequence
P00750 Part of UniProtKB entry sequence, from its 1st to 20th amino acid residue (inclusive)
A4_HUMAN UniProtKB entry name
UPI0000000001 UniParc entry
UniRef100_P00750 UniRef entry

If you UniProtKB、UniRef、またはUniParcエントリページからツールバーの「Blast」タブを選択すると、現在のシーケンスがフォームに事前入力されます。

ジョブには一意の識別子があり、（ジョブの種類に応じて）クエリで使用できます（たとえば、2つのシーケンス類似性検索の共通部分を取得する）。 ジョブ識別子と関連データは7日間保持され、その後削除されます。

オプション設定

Blast検索のオプション設定のリストは、ヘルプセクションにあります。